培养目标不同
专业硕士教育的突出特点是学术型与职业性紧密结合，获得专业学位的人，主要不是从事学术研究，而是从事具有明显职业背景的工作，如工程师、医师、教师、律师、会计师等。这是一种以专业实践为导向，重视实践和应用，培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才的培养方式。
学术硕士按学科设立，其以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养大学教师和科研机构的研究人员。
培养方式不同
专业硕士课程设置以实际应用为导向，以职业需求为目标，以综合素养和应用知识与能力的提高为核心。教学内容强调理论性与应用性课程的有机结合，突出案例分析和实践研究。教学过程重视运用团队学习、案例分析、现场研究、模拟训练等方法；注重培养学生研究实践问题的意识和能力。在具体的学习过程中，要求有为期至少半年的实践环节，实践学分比重较学术学位更大。
学术硕士的课程设置侧重于加强基础理论的学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。
报考条件不同
专业硕士，部分专业报考要求和学术硕士相同，但其中的工商管理、公共管理、工程管理、旅游管理、工程硕士中的项目管理、教育硕士中的教育管理、体育硕士中的竞赛组织专业，报考条件为：大学本科毕业后有3年以上工作经验的人员；或获得国家承认的高职高专毕业学历后，有5年以上工作经验，达到与大学本科毕业生同等学力的人员或已获硕士学位或博士学位并有2年以上工作经验的人员。
学术硕士报考条件为：
1、国家承认学历的应届本科毕业生(含普通高校、成人高校、普通高校举办的成人高等学历教育应届本科毕业生)及自学考试和网络教育届时可毕业本科生，录取当年9月1日前须取得国家承认的本科毕业证书；
2、具有国家承认的大学本科毕业学历的人员;
3、获得国家承认的高职高专毕业学历后满2年(从毕业后到录取当年9月1日，下同)或2年以上的，以及国家承认学历的本科结业生，符合招生单位根据本单位的培养目标对考生提出的具体学业要求的人员，按本科毕业生同等学力身份报考。
4、已获硕士、博士学位的人员。
招生专业不同
专业硕士，招生专业比较有针对性，包括金融、应用统计、税务、国际商务、保险、资产评估、审计、法律、社会工作、警务、教育、体育、汉语国际教育、应用心理、翻译、新闻与传播、出版、文物与博物馆等共计47个专业。
学术硕士，招生专业包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学、艺术学13大学科，及其下设的一级学科、二级学科，涵盖所有的专业方向。
调剂要求不同
考生调剂基本条件，初试科目与调入专业初试科目相同或相近，其中统考科目原则上应相同。学硕的考试科目一般可以涵盖专硕的初试科目或者达到专硕的考试难度，因此调剂一般为学硕向专硕调剂。
专硕的考试科目和考试难度决定了它几乎没有调剂到学硕的可能性。即，学术硕士可以调剂到专业硕士，但专业硕士不能调剂到学术硕士。
但要注意临床医学类专业硕士则相反。报考临床医学类专业硕士研究生的考生可按相关政策调剂到其他专业，报考其他专业(含医学学术学位)的考生不可调剂到临床医学类专业学位。
入学难度不同
对于大部分专业来说，专业硕士较学术硕士难度略低。专业硕士公共课英语科目多考英语二，难度相对较小;
学术硕士公共课英语科目考英语一，难度比较大。专业硕士多数不考公共课数学科目或考数学三、经济类联考综合能力，难度相对较小;
学术硕士公共课数学科目考数学一、数学二、数学三、数学(农)或招生单位自命题理学数学，难度较大。
学费标准不同
全日制专业硕士收费标准，按不高于本校现行普通专业学术型自筹经费研究生收费标准确定(没有普通专业学术型自筹经费研究生的学校，应参照当地其他院校同类专业的有关收费标准确定)。
从2014年秋季学期起，学术硕士收费标准，原则上每年硕士生不超过8000元、博士生不超过10000元。
学制不同
具体表现为，专业硕士学制一般为2-3年，学术硕士学制一般为3年。具体情况依各招生单位当年政策为准。
导师制度不同
专业硕士，实行双导师制。根据教育部相关文件精神，各专业学位研究生培养单位要建立健全校内外双导师制，以校内导师指导为主，校外导师应参与实践过程、项目研究、课程与论文等多个环节的指导工作。在培养过程中校内导师以教授理论知识、学术指导为主，而校外导师则以培养技能、指导实践为主。
学术硕士，实行单导师制。在基本职能方面，研究生导师对学生进行研究生课程教学、课题研究指导与学位论文指导。在导学内容方面，研究生导师对其研究生在读研期间的全过程进行指导。研究生论文完成后，指导教师要对研究生作出客观、全面、准确的评价，并负责向导师组申请审查同意，提交院学位评定委员会，申请组织答辩。
学位论文不同
专业硕士的论文，必须强化应用导向，形式可多种多样。鼓励采用调研报告、规划设计、产品开发、案例分析、项目管理、文学艺术作品等多种形式。
学术硕士的学位论文，强调科学理论研究与原创学术创新，形式相对传统，一般为学术性论文。
读博方式不同
专业硕士，一般不能硕博连读或直博，硕士毕业后若进行考博，请咨询招生单位了解相关政策。
学术硕士，可以通过自己的导师直接读博，不用参加全国统考，也就是我们所说的直博或者硕博连读。
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