日本国立大学由国家和政府运营，公立大学由地方自治体等运营，所以学费不分专业一律便宜。而私立大学是由学校法人或股份有限公司来运营的，盈利也是其目标之一，所以各专业的学费各不相同，而且也有很高的倾向。
日本文部科学省曾对私立大学入学者的学费缴纳金额等进行调查，结果显示私立大学的1年学费平均约为91万日元(约合人民币4.6万元)，设施设备费约18万日元(约合人民币9100元)。因此私立大学1年的平均学费(包括学费和设施设备费)约为109万日元(约合人民币5.5万元)，4年的总费用约为436万日元(约合人民币22万元)。
日本的国立大学和公立大学的学费较为统一，其中国立大学的学费稍高，日本国立大学的学费标准金额为53.58万日元(约合人民币2.7万元)。由于允许将金额增加到标准金额的20%，一些国立大学的学费会超过60万日元，而公立大学的学费标准金额为53.58万日元(约合人民币2.7万元)，日本各个地区入学金为28.2万日元(约合人民币1.4万元)。此外许多国立大学的法学院收取80.4万日元(约合人民币4万元)的学费。
综上所述，日本私立大学的学费比国立大学和公立大学高，具体学费因学校、专业等因素而异。
